История Rezel Cross начинается широкомасштабным запуском ракет Империей Зафнам (Zafnam Empire) по двум соседним странам. Люди страны голодают, а авторитарное руководство Зафнама только и делает, что полагается на свою военную мощь. В дополнение ко всему Зафнам занимается созданием армии монстров. Есть в Зафнаме два агента – Газо (Gaso) и Дерира (Derira), оба работают на специальное подразделение, известное как Коммандование Резэль. Их приоритетная задача неизвестна, однако их работой является сопровождение людей, обладающих особой силой, в специальное учреждение.